První etapou začala plánovaná rekonstrukce Bakešova pavilonu, historické budovy Masarykova onkologického ústavu

Rekonstrukci Bakešova pavilonu po stovce let  jeho fungování vnímáme nejen jako jeden z našich dalších rozvojových kroků, ale  také kulturně – historicky jako  brněnští  patrioti,
protože v této budově původní Zemské chirurgické nemocnice, vedené doc. Jaroslavem Bakešem, který spolu se svou matkou Lucií Bakešovou inicioval vznik onkologického ústavu
v sousedství,  jsou skutečné kořeny existence  celého nynějšího areálu MOÚ na Žlutém kopci.

Současný Bakešův pavilon byl vybudován v letech 1913 – 1916 a sloužil jako úrazová, válečná a doléčovací nemocnice. Vojenská správa ji v roce 1919 předala Zemské správě, aby
zde mohla vzniknout Chirurgická zemská nemocnice. Plány a představy Jaroslava Bakeše byly rozsáhlé a tak se otevření této nemocnice poměrně vleklo. Byla oficiálně předána 26.
dubna 1922.
Historie názvů Bakešovy chirurgické nemocnice:
1916 – 1919 – úrazová válečná a doléčovací nemocnice (stavba od roku 1913 – 1916)
1922–1943 – II. chirurgické oddělení Zemské nemocnice (primáři J. Bakeš, A. Novotný)
1945-1960 – III. chirurgické oddělení Státní fakultní nemocnice v Brně – (primář A.
Novotný)
1960 – Chirurgické oddělení OÚNZ Brno-venkov
1961–1979 – III. chirurgické oddělení KÚNZ, (V. Kulísek) – III. chirurgická katedra
(nemocnice měla postavení kliniky, Z. Kašpar)
1. 4. 1992 – Bakešova chirurgická nemocnice, příspěvková organizace Okresního úřadu
Brno-venkov (L. Kolář)
2003 – zřizovatelem Bakešovy nemocnice byl Jihomoravský kraj, ředitelem T. Skřička.
2006 – přešla Bakešova chirurgická nemocnice do vlastnictví státu, sloučila se
s Masarykovým onkologickým ústavem.
Sice 30. června 2006 byla před veřejností předána Bakešova nemocnice MOÚ, jednalo se ale pouze o bezplatnou výpůjčku s tím, že by se mohl oficiální převod zvládnout do konce roku (k tomu bylo nutné mít souhlas Ministerstva financí i Ministerstva zdravotnictví ČR). To se ale nepodařilo. Od 29. 12. 2006 přistoupili radní Jihomoravského kraje k tržnímu pronájmu – 8 milionů korun za rok. Prodlení způsobily výhrady Ministerstva financí ŘR ke znaleckému posudku. Nový znalecký posudek znamenal nové hlasování zastupitelstva Jihomoravského kraje a další odklad převodu. Vše se nakonec zdařilo až 4. června 2007, kdy byl Bakešův pavilon zapsán jako majetek MOÚ do katastru nemovitostí.
Před rekonstrukcí zde MOÚ umístil:
– Centrum prevence,
– oddělení D Kliniky komplexní onkologické péče,                                                                                                                                                                                                                                            – stanice B Oddělení chirurgické onkologie,
– Gastroenterologické oddělení.
Operační sály, které zde do převzetí MOÚ fungovaly, musely být vzhledem ke svému nevyhovujícímu stavu z hygienických důvodů uzavřeny.
Provoz během rekonstrukce:
Obě oddělení byla přesunuta do přístavby budovy a po opravě původního pavilonu budou přesunuta tam a přístavek ze 70. let minulého století bude zbořen, Centrum prevence získalo nové prostory v Masarykově pavilonu, stejně jako Gastroenterologické oddělení. 

Vzhledem k tomu, že rekonstrukce bude probíhat za provozu obou oddělení, je nutné všechny zainteresované – především pacienty, zaměstnance, ale i stavební firmu – žádat o trpělivost a maximální koordinaci o citlivý přístup.
Rekonstrukce by měla být ukončena na podzim roku 2020. Celkem bude stát – včetně vybavení – 428 milionů korun. Z toho 180 milionů bude hrazeno ze státního rozpočtu, zbytek
bude ústav hradit z vlastních zdrojů. Po rekonstrukci zde budou umístěny dva operační sály, které budou zaměřeny především na operace a rekonstrukce prsu a kožních nádorů, dvě chirurgická oddělení – obě s počtem 24 lůžek, ambulance chirurgické, gynekologické a urologické, inspekční pokoje a šatny pro zdravotnický personál. Tím se v podstatě vrátí původní využití budovy – stane se z ní opět chirurgický pavilon. Díky těmto přesunům se uvolní prostory po ambulancích ve 2. patře Švejdova pavilonu a tyto prostory budou využity k rozšíření chemoterapeutických stacionářů (už teď tudy prochází na 150 pacientů denně, což je už na hranici prostorových možností). Oddělení D Kliniky komplexní onkologické péče se přesune z Bakešova pavilonu do Masarykova pavilonu do současných prostor oddělení A chirurgické onkologie – ta bude druhým oddělením v zrekonstruovaném pavilonu.