Plošné uzavření mateřských škol a výrazné omezení provozu základních škol na základě dvou dubnových opatření ministerstva zdravotnictví bylo nezákonné. Podle nového rozhodnutí Nejvyššího správního soudu (NSS) chyběla pro takový postup opora v zákoně. Ministerstvo může mimo nouzový stav podle pandemického zákona plošně omezit vysoké školy, nikoli mateřské a základní školy. "Proč zákonodárce nezahrnul do tohoto zákona – určeného právě ke zvládání nynější pandemie – také jiné školy než vysoké, nepřísluší soudu domýšlet," stojí v jednom z nových rozhodnutí, které je dostupné na úřední desce.
Soud postupně obdržel několik návrhů na zrušení některých ustanovení ve dvou obdobných mimořádných opatřeních ministerstva zdravotnictví z 12. a 19. dubna. Mateřské školy byly tehdy uzavřené, stejně jako druhý stupeň základních škol, zatímco na prvním stupni byla rotační výuka. Návrhy se zabývaly dva různé senáty NSS. Oba dnes vydaly rozsudky, v nichž vyslovily nezákonnost sporných ustanovení. Zrušit je už nemohly, protože jejich platnost mezitím vypršela, školy jsou v provozu.
Návrhy podávali žáci základních a mateřských škol, jejich rodiče, mateřská a základní škola a také městská část Praha 9, která školy zřizuje. NSS konstatoval, že rodiče dětí nemohou sami napadnout opatření, jimiž byl omezen provoz škol, neboť nejde o přímý zásah do jejich práv. Rodiče však mohou podávat návrhy jménem svých dětí jako jejich zákonní zástupci. Mimořádná opatření mohou zpochybnit také školy a samosprávy. Omezení totiž zasáhla do do naplňování samotného smyslu existence škol, respektive do práva na samosprávu, které zahrnuje také péči o výchovu a vzdělávání.
NSS se v rozsudcích pozastavil nad tím, že pandemický zákon upravil pouze omezení výuky nebo jiného provozu vysokých škol, zatímco omezování mateřských, základních a středních škol vynechal. Ostatní školy tak mohou být omezeny jen mimořádnými opatřeními podle zákona o ochraně veřejného zdraví, který ovšem není určený pro plošná opatření.
Zákon o ochraně veřejného zdraví umožňuje pouze "zákaz nebo omezení styku skupin fyzických osob podezřelých z nákazy s ostatními fyzickými osobami". Ustanovení tedy podle NSS dopadá jen na lidi podezřelé z nákazy, což znamená možnost uzavřít konkrétní školy, v nichž se šíří infekce. Nelze však na jeho základě plošně uzavřít všechny školy v Česku z preventivních důvodů, jako by všichni žáci byli předem pokládáni za podezřelé z nákazy, míní soudci NSS.
Ministerstvo používalo podle NSS zákon o ochraně veřejného zdraví tak, jako by vůbec neexistovala jeho úvodní pasáž, která výslovně zmiňuje pouze "zákaz nebo omezení styku skupin fyzických osob podezřelých z nákazy s ostatními fyzickými osobami". Sporný paragraf je však podle soudu určený spíše k časově a místně omezeným protiepidemickým opatřením, a nejde tak o obdobu nástrojů, které má vláda k dispozici v nouzovém stavu.