Nebudou na něj moct vjíždět vlaky od Břeclavi, Slavkova a Vyškova, kvůli omezené kapacitě na něj nepojedou ani některé vlaky od Tišnova. Omezení je nutné kvůli pokračující opravě mostů přes ulice Křídlovická a Hybešova a kvůli modernizaci zabezpečovacího zařízení. Jako náhrada se bude používat dolní nádraží a v mnohem větší míře nádraží v Židenicích, Králově Poli a Slatině.
Náklady na mosty a nové zabezpečovací zařízení činí 2,2 miliardy korun. Bez investic by nebylo možno zajistit další provoz brněnského nádraží. Na nádražích budou informátoři a lidé si budou moct také najít informace na internetu nebo letácích. Na dolním nádraží budou fungovat provizorní čekárny, pokladny i sociální zázemí, Správa železniční dopravní cesty dokonce vybudovala podchod a zcela nové ostrovní nástupiště. Náhradní dopravu na hlavní nádraží bude zajišťovat autobusová linka 61 a při nárazové poptávce také záložní autobusy dopravního podniku.
Nově se hlavním přestupním uzlem stane židenické nádraží, odkud budou pendlovat osobní vlaky každých 15 minut na hlavní nádraží, některé vlaky pojedou až do Králova Pole. Zde totiž skončí všechny rychlíky od Havlíčkova Brodu. Cestující by se měli podívat předem do jízdního řádu, odkud jejich vlak vyjíždí, nebo kam je doveze. Místo hlavního nádraží to může být dolní nádraží, židenické, slatinské i královopolské.
Součástí náhradní dopravy bude také tramvajová linka P6 z Králova Pole k hlavnímu nádraží, autobusy z hlavního nádraží E63 do Chrlic a E77 k nádraží do Slatiny. Regionální linky budou pokračovat z Chrlic také na hlavní nádraží.
Výluka se dotkne nejen vlaků Českých drah, ale také dálkových vlaků RegioJetu, které stejně jako ostatní dálkové vlaky mezi Prahou a Břeclaví budou projíždět přes dolní nádraží a zastaví také v Židenicích.
